بخش دوم که همان متن اصلی کتاب است، بیشتر جنبه‌ی روایی دارد و در بردارنده‌ی حدود ششصد حدیث است و در هشتاد‌و‌پنج باب به بررسی پنج سر فصل اصلی از دیدگاه اخبار تاریخی و روایات‌صحیح مذهبی پرداخته که عبارتند از:
الف) بر شماری نمونه های نهان زیستی پیامبران.
ب ) داستانهای آنان که عمری طولانی یافته‌اند.
پ) احادیث اهل بیت در مورد حضرت بقیه الله و غیبت ایشان.
ج) حکایت آنان که حضرت را به چشم خویش زیارت کرده‌اند.
د) توقیعات آن حضرت.^[۱۷۵]
شیخ صدوق برخی از مطالب مربوط به بخش توقیعات را از متون کهن تر و گاه به نحو شفاهی از برخی مرتبطان با نواب اربعه نقل کرده است.^[۱۷۶]
این کتاب با مقدمه‌ی مولر ، خاورشناس آلمانی به زبان آلمانی در سال ( ۱۹۰۱ م ) به چاپ رسیده است و برخی آن را (( اکمال الدین و اتمام النعمه)) نیز خوانده‌اند.^[۱۷۷]
۷- اعتقادات :
ابن شهر آشوب از این کتاب با نام ((الاعتقاد)) یاد کرده است.^[۱۷۸] همان طور‌که از عنوان کتاب برمی‌آید، در آن به بیان اعتقادات شیعه پرداخته شده است و صدوق تمامی اعتقادات شیعه را اعم از ضروریات و غیر ضروریات و مسائل مورد اتفاق و اختلاف بیان داشته است.^[۱۷۹]
کتاب اعتقادات چهل و پنج باب دارد که شیخ آن را با هدف تکمیل بحث‌های کتاب توحید خود اما به اختصار نگاشته است.^[۱۸۰] شیخ آقا بزرگ تهرانی درباره‌ی کتاب اعتقادات می‌گوید: ((‌شیخ صدوق (ره) کتاب اعتقادات را در مجلس روز جمعه در دوازدهم شعبان سال (۳۶۸ هـ.ق) در نیشابور املاء فرمودند و سبب این تالیف آن بود که مشایخ حاضر در آن مجلس از ایشان در خواست کردند تا وصف مذهب تشیع دوازده امامی را برای آنها به طریق مختصر املاء کند و لذا صدوق در این کتاب همه‌ی اعتقادات فرقه‌ی ناجیه را از ضروریات و غیر ضروریات و وفاقیات و غیر وفاقیات ذکر کرده و در نظر داشته که بعداً شرح و تفسیری بر آن بنویسد. لیکن برای او میسر نمی‌گردد و لذا مرحوم شیخ مفید بر آن شرحی می‌نگارد.^[۱۸۱] ))

کتاب اعتقادات به دلیل فشردگی مطالب به توضیح و تفسیر نیاز داشت. بدین سبب شیخ مفید شرحی بر آن نگاشت و در‌ آن با برخی از عقاید شیخ صدوق مخالفت کرد. از همین رو کتابش به ((تصحیح الاعتقاد بصواب الانتقاد)) یا (‌شرح عقاید الصدوق) شهرت دارد^[۱۸۲].
۸- مدینه العلم:
یکی از آثار مهم شیخ صدوق کتاب ((مدینه العلم)) است. این کتاب به گفته‌ی شیخ طوسی بزرگتر از کتاب ((من لا یحضره الفقیه)) است^[۱۸۳] و به تعبیر ابن شهر آشوب دارای ده جلد بوده در حالی که ((من لا یحضره الفقیه )) چهار جلد می‌باشد.^[۱۸۴]
این کتاب در زمان شهید اول (متوفی ۸۷۶ هـ.ق) و علامه‌حلی (متوفی ۷۲۶ ق) وجود داشته است. از کتاب ((ذکری)) تالیف شهید اول چنین استفاده می‌شود که نسخه‌ای از این کتاب در نزد وی موجود بوده است.^[۱۸۵]
شیخ حسین در کتاب درایه‌اش گفته است:
اصول و کتابهای زیر بنایی و معتبر شیعه پنج کتاب است: (( اصول کافی، مدینه العلم، من لا یحضره الفقیه، التهذیب و الاستبصار)).^[۱۸۶] از این سخن پیداست که کتاب مذکور در اختیار وی بوده است و گویا در زمانی که تعصبات فرقه‌ای به اوج خود رسید و آتش‌جنگ بین صفویه و حکومت‌عثمانی شعله ور شد جمع کثیری از طرفین کشته شدند و شخصیت کم نظیر عالم تشیع، شهید ثانی به تیغ تعصب به شهادت رسید و جو وحشت و ترور، مناطق شیعه نشین را در منطقه‌ی شام (سوریه، فلسطین، لبنان) فرا گرفت. عده‌ای از بزرگان شیعه مجبور به ترک‌وطن و آوارگی شدند. از جمله پدر معظم شیخ‌بهایی به همراه خانواده و قسمتی از لوازم منزل و کتابهایش از جبل عامل لبنان به ایران مهاجرت کردند و احتمالاً این کتاب نفیس در این ماجرا از بین رفته است.^[۱۸۷]
در دوران متاخر سید بن طاووس، در کتاب ((فلاح السائل))^[۱۸۸] احادیثی از مدینه العلم نقل کرده است.
می‌توان حدس زد که این‌کتاب مجموعه‌ای شامل بخش عمده‌ای از تالیفات شیخ صدوق بوده و چون بیشتر احادیث آن به دیگر کتب منتقل شده، تلاشی برای تکثیر و حفظ آن نکرده‌اند و از همین‌رو رفته رفته متروک و نایاب‌شده است. با این وجود از فقدان آن به میراث تشیع، لطمه‌ای‌جدی وارد نشده است، زیرا اگر حاوی مطالبی افزون تر بر دیگر کتب وی بود، فقهای بزرگ و محدثان پیگیر و نستوهی چون شیخ مفید، سید مرتضی، شیخ طوسی، ابن شیخ (مفید ثانی)، عماد الدین طبری، شهیدین و علامه طبری، از کنار آن بی اعتنا نمی‌گذشتند.
در واقع مفقود شدن یا از بین رفتن فقط مختص مدینه العلم نیست؛ اصول چهارگانه شیعه نیز بعد از انتقال مطالب آن به کتب اربعه مهجور و مفقود شد.^[۱۸۹]
ناگفته نماند که علامه مجلسی، مبلغ هنگفتی را برای بدست آوردن کتاب ((مدینه العلم)) هزینه کرد ولی موفق نشد و هم‌چنین از متاخران نزدیک به عهد ما نیز، سید محمد باقر گیلانی اصفهانی، اموال بسیاری را صرف یافتن آن کرد که هرگز به نتیجه‌ای نرسید.^[۱۹۰]
۹- فضائل الشیعه
این کتاب چنانچه از نامش پیداست در صدد تبیین فضائل شیعیان اهل بیت و امتیازات آنان است. در اسناد کتاب شیخ صدوق تردیدی نیست و احادیث آن مستند و از طریق مشایخ صدوق از جمله پدر گرامی‌اش از معصومین(ع) نقل‌شده است. پیام نهایی احادیث این کتاب‌آن است که شیعیان اهل بیت همانا ثابتان بر امامت اثنی عشر(ع) و معتقدان‌به امامت و ولایت آن‌ها در عصر غیبت مورد رحمت و مغفرت الهی و هدایت‌شدگان راستی هستند. اولین‌حدیث این‌کتاب از ابن عمر است، بدین مضمون که: از پیامبر(ص) درباره‌ی علی(ع) پرسیدیم، سپس آن حضرت غضبناک شد و ضمن کلام نسبتاً مفصلی به ذکر فضایل و منزلت علی پرداخت. نسخه‌های خطی این کتاب در کتابخانه‌ی آیت الله مرعشی نجفی، کتابخانه‌ی مجلس شورای اسلامی و کتابخانه‌ی دانشگاه تهران موجود است.
کتاب مشتمل بر ۴۵ حدیث است و بر اساس نسخه‌های موجود در کتابخانه‌ی آیت الله مرعشی نجفی در قم توسط سید محمد باقر ابطحی اصفهانی، به تحقیق و تصحیح مؤسسه‌ه الامام المهدی در سال ۱۴۱۰ هجری قمری منتشر شد.^[۱۹۱]
۱۰- صفات الشیعه
این کتاب نیز یکی‌دیگر از آثار ارزشمند به جای‌مانده از شیخ صدوق و مشتمل بر‌۷۳ حدیث درباره‌ی صفات و خصائص و ویژگی‌های شیعیان اهل بیت(ع)است. بنا بر روایات این کتاب، شیعیان اهل اجتهاد، وفا، امانت، زهد، عبادت نمازهای نوافل و فرائض (۵۱ رکعت در شبانه روز) اهل شب زنده داری، اهل روزه و زکات، محبت اهل بیت ع)، پرهیزکننده از گناهان، تسلیم در برابر اهل‌بیت، پیروی قول و فعل آنان و مخالفان دشمنان ایشان می‌باشند. مضامین کتاب و تأمل در اسناد آن جای‌تردید در منتصب بودن به شیخ صدوق را باقی نمی‌گذارد و اولین روایت این کتاب منقول از امام صادق (ع) است.^[۱۹۲]
۱۱- علل الشرایع
در شمارش آثار حدیثی قم به مواردی برمی‌خوریم که عنوان اثر “کتاب العلل” است. متأسفانه در این زمینه جزء کتاب شیخ صدوق، به نظر می‌رسد آثار دیگری باقی نمانده باشد. این کتاب به منظور جمع آوری و تنظیم روایاتی تدوین گشته که متضمن بیان علت‌های احکام شرعی و یا برخی موارد مربوط به سیره‌ی معصومین(ع) و اصول دین و آیات الهی و غیره می‌باشند. البته عللی که در روایات به خصوص برای احکام فرعی و فقهی ذکر شده‌اند، علت تامه نیستند و در واقع حکمت یا جزئی از حکمت هستند لذا نمی‌توان آن‌ها را “تمام العلع"ر دانست و در همه‌ی موارد و ازمنه حکم را دایر مدار آن کرد. این کتاب در دو جزء تدوین شده که جزء اول مشتمل بر ۲۶۲ باب و جزء دوم نیز مشتمل بر ۳۸۵ باب است.^[۱۹۳]
فصل چهارم :
بررسی اوضاع سیاسی – مذهبی در دوران شیخ صدوق
۱-۴- اوضاع سیاسی و موضع گیری عباسیان در مواجهه با تشیع تا عصر شیخ صدوق:
حکومت خلفای عباسی از سال(۱۳۲ هـ.ق) هم زمان با دوران امامت امام جعفر صادق(ع) آغاز شد و تا (۶۵۶ هـ.ق) ادامه یافت. در این مدت قریب سی و هفت تن از بنی عباس به حکومت رسیدند و خود را خلیفه‌ی رسول الله نامیدند و در واقع از این کلمه‌ی مقدس به عنوان پوششی برای تسلط بر مردم و رسیدن به مطامع مادی و اغراض جاه طلبانه‌ی خود استفاده می‌کردند.
آنها با ارتکاب اعمال ناشایست و گسترش انحرافات فکری، عقیدتی و اخلاقی، جامعه‌ی مسلمین را از اسلام حقیقی دور نمودند و در ورارونه جلوه دادن دین الهی کوشیدند. چنانکه مورخین و محققین از شراب خواری، و عیش و نوش ها و فسق و فجورها و مجالس شب نشینی آنها، تاریخ ها نوشتند.
عباسیان نهایت ظلم و تعدی را نسبت به خاندان رسول روا داشتند و امامان شیعه، این تفسیر گران اسلام حقیقی را به تبعیدگاه ها و زندانهای طویل المدت سپردند و جامعه را از انوار هدایت آنان محروم کردند. حتی تعداد کثیری از فرزندان حضرت فاطمه(س) به دستور منصور خلیفه‌ی عباسی به طور دسته جمعی بشهادت رسیدند و گروهی دیگر از دوستان اهل بیت به حبس ابد محکوم شدند و زیر شکنجه جان سپردند و حتی شش تن از امامان بزرگوار شیعه یعنی از امام ششم تا امام یازدهم همگی بدستور خلفای عباسی مسموم و به شهادت رسیدند.^[۱۹۴] اما این به معنای انزوای شیعه از جامعه‌ی اسلامی نبود.
به طور‌کلی روشن است که شیعیان در جامعه‌ی اسلامی نقش چشمگیری داشته‌اند. شیعیان در روند تاریخی خود مراحلی از پیکار و مبارزه را پشت سر گذاشته و در‌ آن مراحل به انواع آزارها و بیدادها گرفتار آمدند. با این‌همه‌توانستند مبارزاتی را نیز سازماندهی کنند که‌گاه برخی از آنها تا مرز انقلاب پیش‌می‌رفت. به عنوان مثال در دوران نخست خلافت عباسی می‌توان به حرکت های شیعی زیر اشاره نمود:
۱) جنبش محمد نفس زکیه در مدینه سال (۱۴۵هـ.ق) در روزگار خلیفه منصور عباسی.^[۱۹۵]
۲) جنبش ابراهیم برادر نفس زکیه در بصره سال (۱۴۵ هـ.ق) در روزگار خلیفه منصور عباسی.
۳) نهضت حسین بن علی در مدینه سال (۱۶۹ هـ.ق) در عهد خلیفه هادی.
۴) جنبش یحیی بن عبدالله در دیلم سال (۱۷۵ هـ.ق) در عهد هارون الرشید.
۵) جنبش ادریس پسر عبدالله در مغرب سال (۱۷۲ هـ.ق) در عهد رشید.
۶) جنبش محمد بن ابراهیم ابوالسرایا در کوفه سال (۱۹۹ هـ.ق) در عهد مامون.
۷) جنبش محمد پسر جعفر صادق (ع) در مکه سال (۲۰۰ هـ.ق) در عهد مامون.
۸) جنبش ابوعبدالله (‌برادر ابوالسرایا) در کوفه سال (۲۰۲ هـ.ق) در عهد مامون.
۹) قیام ابراهیم پسر موسی بن جعفر بن محمد بن علی بن حسین بن علی بن ابی طالب در عین سال (۲۵۰۰ هـ.ق) در عهد مامون.
۱۰) قیام عبدالرحمن احمد بن عبدالله بن محمد بن عمر بن علی بن ابی طالب در عین سال (۲۰۷ هـ.ق) در عهد مامون.
۱۱) قیام محمد بن قاسم بن عمر بن علی بن حسین بن علی بن ابی طالب در خراسان سال (۲۱۹ هـ.ق) در روزگار معتصم بالله و … .^[۱۹۶]
اما مبارزات شیعیان به عین سطح معطوف شد. شیعیان علاوه بر تحرکات نظامی دست به کشمکش های فکری زدند و به‌جای آهیختن شمشیر، بر اندیشه و زمان نیز تکیه داشتند. این مبارزه‌ی ایدئولوژیکی، یکی از انواع کشمکش میان عباسیان با علویان محسوب می‌شد و ابزاری در دست جنبش‌های شیعی بشمار می‌آمد تا بواسطه‌ی آن از ابزارهای تبلیغاتی یا‌ آماده سازی اندیشه‌ها برای مشارکت در مبارزات موثر و جنبش‌های مسلحانه بهره جویند.^[۱۹۷]
سرانجام گسترش این کشمکش‌های فکری سبب شد تا اشکال مختلفی را بتوان به وضوح در آن مشخص کرد. به عنوان مثال می‌توان نهضت تدوین حدیث در عهد عباسی را متاثر از جنبش‌های شیعی دانست، حتی امامان علوی نیز لازم دیدند در نهضت تدوین حدیث شرکت کنند که در صف مقدم آنان امام جعفر صادق (ع) قرار داشت که جز از اهل بیت خود روایت نکرده است اما دقت و امانت داری امام در روایت احادیث و اسناد‌ آن، موجب قبول اهل سنت به احادیث روایت شده از طریق وی شد و با این کار دو جنبش برای تدوین و نقل احادیث تحت عناوین جنبش علوی و جنبش عباسی بر پا گشت.^[۱۹۸]
با این همه نه جدال های فکری سبب می‌شد تا حرکت‌های مسلحانه فرو نشیند و نه قیام‌های مسلحانه پایان‌ بخش مبارزات ایدئولوژیکی محسوب می‌شد. در واقع استمرار قیامهای شیعیان به عهد عباسیان بی‌علت نبود، چراکه تقسیم شیعیان به فرقه‌هایی‌چند و پراکندگی این‌فرقه‌ها در شهرهای مختلف‌سبب‌می‌شد تا هرگاه ‌جنبشی ‌که از سوی یک فرقه‌‌ی‌شیعی رهبری می‌شد و ناکام می‌ماند، فرق دیگر تشیع پرچم قیام دیگری را افراشته و دوش می‌کشیدند تا جنبش‌ها، پیاپی تجدید گردد و تعدد فرق شیعه که برای خلافت عباسی خطر بشمار می‌آمد خلفا را ناگزیر می‌کرد تا فعالیت فرق تشیع را در بسیاری از سرزمین‌ها تعقیب نمایند.
از سوی دیگر استمرار باب اجتهاد نیز بر استمرار قیامهای شیعی بی‌تاثیر نبود، زیرا شیعیان نه تنها در لاک انزوا نزیستند بلکه از راه اجتهاد به تحول و نوسازی روی آوردند. از نظر تاریخی اشکالی نداشت تا شیعیان بر فرقه‌هایی تقسیم شوند و هر فرقه‌ای هم اجتهاد کند و در مسیر نوسازی بکوشد.^[۱۹۹] چرا که آنها در این ‌باره به آیه‌ی۱۲۳ در سوره‌ی توبه استناد می‌کردند که می‌فرمود: ” یا ایها الذین آمنو قاتلو الذین یلونکم من الکفار و لیجدو افیکم غلظه و اعلمو ان الله مع المتقین”