تاکنون هیچ تحقیقی مبنی بر تولید ایمنوگلوبین Y بر علیه زیر واحد CagA هلیکوباکتر پیلوری در ایران انجام نشده است با این حال در سال ۱۳۹۱ دانشمندان وجود خاصیت آنتی ژنیسیته پروتئین CagA را اثبات کردند (حمید ابطحی و همکاران،۱۳۹۱).
هلیکو باکتر پیلوری یک باکتری میکروآئروفیل گرم منفی موجود در معده است که در سال ۱۹۸۲ برای اولین بار توسط دانشمندان استرالیائی بری مارشال و رابین وارن شناسائی و از بافت پوششی آنترال (Antral Epithelium) معده انسان جدا شد. آنها دریافتند که این باکتری در بیماران مبتلا به گاستریت مزمن و زخم معده وجود دارد در حالی که با توجه به اینکه معده انسان مقادیر گسترده ای از اسید را تولید میکند که بسیار شبیه به اسید موجود در باتری ماشین‌هاست تا قبل از آن زمان تصور نمی شد که این بیماری‌ها علت میکروبی داشته باشند (مارشال و وارن،۱۹۸۴).
قبل از تحقیقات مارشال و وارن،در سال ۱۸۷۵ دانشمندان آلمانی باکتری‌های مارپیچی شکلی را در لایه‌های داخلی معده انسان یافتند اما موفق نشدند آن را کشت دهند و در نهایت نتایج بدست آمده توسط آنها فراموش شد (بلاسر،۲۰۰۵).
در سال ۱۸۹۳ دانشمند ایتالیائی گییولیو بیزوزرو باکتری مشابهی که در محیط اسیدی معده سگ زندگی میکرد را معرفی کرد (بیزوزرو،۱۸۹۳).
پروفسور والری جاورسکی از دانشگاه جیگیلیونین در کاراکو نمونه‌های محلول شسته شده معده انسان را در سال ۱۸۹۹ بررسی کرد. او باکتری‌های مارپیچی شکلی را یافت و برای اولین بار این فرضیه را که ممکن است این ارگانیسم‌ها در بیماری‌های معده نقش بیماری زائی داشته باشند را مطرح کرد (کونتورکه،۲۰۰۳).
در اوایل قرن بیستم مطالعات زیادی در رابطه با حضور این ارگانیسم‌ها در معده تعداد زیادی از بیماران مبتلا به زخم‌های گوارشی و سرطان معده انجام شد (اگان و مورین؛۲۰۰۷).
در سال ۱۹۴۵ یک مطالعه آمریکائی منتشر شد که موفق به نشان دادن باکتری در ۱۱۸۰ نمونه بیوپسی معده نشد این مقاله و نتایج آن میزان علاقه به این باکتری را کاهش داد (پالمر،۱۹۵۴).
علاقه به دانستن نقش باکتری‌ها در بیماری‌های معده در سال ۱۹۷۰ و به دنبال یافتن باکتری در معده بیماران مبتلا به زخم‌های گوارشی اوج گرفت (استیر،۱۹۷۵).
این باکتری در سال ۱۹۷۹ به وسیله آسیب شناس استرالیائی رابین وارن مشاهده شد کسی که بعد‌ها تحقیق روی این باکتری را با پزشک استرالیائی بری مارشال در سال ۱۹۸۱ شروع کرد. . پس از تلاش‌های متعدد ناموفق برای کشت باکتری از معده،در نهایت در سال ۱۹۸۲ زمانی که آنها ناخواسته پتری دیش‌های خود را به مدت ۵ روز در آخر هفته عید پاک انکوبه کردند موفق به ایجاد کلونی‌ها شدند. وارن و مارشال در مقاله اصلی خود ادعا کردند که بیشتر زخم‌ها و التهاب‌های معده در نتیجه عفونتهای ایجاد شده توسط این باکتری ایجاد میشوند و نه در اثر استرس یا غذا‌های تند که قبلا در نظر گرفته می شدند (مارشال و وارن،۱۹۸۴).
اگرچه در ابتدا شک و تردید‌هائی وجود داشت اما در طول چندین سال پژوهش‌های متعدد ارتباط هلیکوباکتر پیلوری را با التهاب معده و کاهش میزان زخم‌های معده تایید کردند. (آتوود،۲۰۰۴).
برای نشان دادن اینکه هلیکوباکتر پیلوری مسبب ایجاد گاستریت یا التهاب معده است و صرفا از طریق اطرافیان منتقل نمی شود،مارشال یک بشر حاویH. پیلوری کشت داده شده را نوشید. او چند روز بعد مبتلا به تهوع و استفراغ شد. ۱۰ روز پس از تلقیح آندسکوپی نشانه‌های ورم معده و وجود H. پیلوری را نشان داد و H. پیلوری عامل ایجاد التهاب شناخته شد. مارشال و وارن در ادامه نشان دادند که آنتی بیوتیک‌ها در درمان بسیاری از موارد التهاب یا ورم معده موثرند (مارشال و وارن،۱۹۸۴).
بررسی‌های اپیدمیولوژی و آماری عفونت مزمن H. پیلوری را با سرطان بدخیم معده مرتبط دانسته اند و این امر موجب شد که آژانس پژوهش سرطان سازمان بهداشت جهانی (World Health Organization: WHO)این باکتری را در زمره ی عوامل سرطان زای کلاس I قرار دهد (سوارز و همکاران،۲۰۰۶).
دانشمندان اعلام کردند که بین شیوع این عفونت در کشورهای غربی و کشورهای آسیایی در حال توسعه تفاوت معنی داری وجود دارد و میزان عفونت این باکتری در جهان بطور میانگین ۵۰% است (مالاتی و نیرن،۲۰۰۶).
در سال ۲۰۱۳ انجمن میکروب شناسی آمریکا هلیکوباکتر پیلوری را شایع ترین موجود ذره بینی دنیا معرفی کرد که بیش از نیمی از جمعیت جهان را آلوده کرده است.
دانشمندان دریافتند که شواهدی مبنی بر وجود گونه‌های مختلف H. پیلوری با درجات مختلفی از حدت وجود دارد (آترتون و همکاران،۱۹۹۵) (بلاسر و همکاران،۱۹۹۵) (کوئیروز و همکاران،۲۰۰۰). ژن CagA اولین ژن یافت شده در هلیکوباکتر پیلوری بود که به شیوه ای متفاوت در باکتری حضور داشت و به عنوان یک شاخص برای وجود جزیره بیماری زائی Cag در نظر گرفته می شود (سنسینی و همکاران،۱۹۹۶). علاوه بر سایر ویژگی‌های بیماری زائی فرضی که توسط جزیره بیماری زائی Cag کد می شوند،ژنهای زیادی از این جزیره پروتئینها را کد میکنند مانند اینترکولین-۸ که باعث افزایش پاسخ التهابی معده به عفونت می شود.
محققان دریافتند که وضعیت CagA- مثبت بیمار با نتایج بالینی شدیدی در برخی از کشورهای غربی همراه بوده است (بلاسرو همکاران،۱۹۹۵) (پارسونت و همکاران،۱۹۹۷).
دانشمندان اعلام کردند که با توجه به اینکه اغلب افراد آلوده به هلیوباکتر پیلوری در کشورهای آسیائی حامل گونه‌های CagA- مثبت هستند،پیوستگی وضعیت CagA و بیماری‌ها درآسیا مشاهده نشده است (مائدا و همکاران،۱۹۹۸) (یامائوکا و همکاران،۲۰۰۲).
درسال ۲۰۰۱ دانشمندان اعلام کردند که سویه‌هائی از هلیکوباکتر پیلوری که دارای ژن CagA هستند توانائی ایجاد زخم‌های طولانی را دارند. (بروتت و همکاران،۲۰۰۱).
در سال ۲۰۰۵ محققان دریافتند که ژن CagA در ایجاد و گسترش سرطان نقش دارد (لکس،۲۰۰۵).
در سال ۲۰۱۰ کلیموویچ و همکاران به دنبال بررسی معرف‌های ایمنی برای تشخیص cagA هلیکوباکتر پیلوری اولین مجموعه از آنتی بادی‌های منوکلونال بر علیه cagA را تولید و مشخص کردند. آنها همچنین بیان داشتند که استفاده از فن آوری پروتئین نوترکیب امکان بدست آوردن آنتی ژن خالص cagA را ایجاد کرده است (کلیموویچ و همکاران،۲۰۱۰).
دانشمندان در سال ۲۰۱۲ ضمن اعلام این مطلب که عفونت مزمن با باکتری‌های گرم منفی هلیکوباکتر پیلوری یک عامل خطر عمده برای توسعه سرطان معده است بیان کردند که شواهد موجود نشان می دهد که ژن CagA (سیتوتوکسین مرتبط با ژن A) دارای یک نقش کلیدی آنکوژنیک در بیماری زائی هلیکو باکتر پیلوری است. آنها اعلام کردند که برخی از فعالیت‌های بیولوژیکی CagA نیاز به فسفوریلاسیون تیروزین آن به وسیله کیناز‌های سلول میزبان دارند.
دانشمندان انواع ژنوتیپ‌های بیشتر بیماری زای هلیکوباکتر پیلوری را که با بیماران سرطان معده و بیماران بدون سابقه فامیلی سرطان معده در ارتباط اند را بررسی کردند. آنها شیوع عفونت ایجاد شده به وسیله گونه‌های خطرناک تر هلیکوباکتر پیلوری را در ۶۰ نفر از بستگان بیماران مبتلا به سرطان معده را بررسی کردند و مقایسه نتایج نشان داد که ۴۹ بیماردر بین خویشاوندان خود سابقه ابتلا به سرطان معده را نداشتند. در این مطالعه وضعیت هلیکو باکتر پیلوری توسط تست اوره آز بافت شناسی و وجود اوره تعیین شد. ژن CagA، cagA-EPIYA وVacA توسط PCR شناسائی و به وسیله توالی یابی تایید شدند. آنها نشان دادند که در بستگان بیماران مبتلا به سرطان معده ژنوتایپ‌های CagA و VacA هلیکو باکتر پیلوری بیماری زا بسیار بیشتر کلونیزه شده است که ممکن است خطر ابتلا به سرطان معده را افزایش دهد (دولسین و همکاران،۲۰۱۲).
در سال ۲۰۱۳ دانشمندان نشان دادند که CagA باعث تکثیر اپیتلوم روده زبرافیش از طریق فعال کردن مسیر سیگنالدهی متعارف Wnt می شوند. بعلاوه آنها برای اولین بار شواهدی را مبنی بر همکاری ژن CagA و سرکوب کننده تومور p53 در آنکوژنسیس ارائه کردند. آنها در این مطالعه بر روی پتانسیل سیستم زبرافیش برای بررسی فعل و انفعالات ژنتیکی بین اثرات بیماریزائی پاتوژن و پروتئین‌های سیگنال دهنده سلول میزبان متمرکز بود (جیمز و همکاران،۲۰۱۳).
در سال ۲۰۱۳ محققان دریافتند که پروتئین CagA هلیکوباکتر پیلوری باعث افزایش خطر سرطان معده می شود. CagA در سلول میزبان به وسیله سیستم ترشحی نوع IV هلیکوباکتر پیلوری جابجا می شود که بسیار کم شناخته شده است. واکنش‌های جابجائی CagA با تعدادی از فاکتور‌های میزبان، مسیر‌های سیگنال دهی میزبان را تغییر میدهد. ساختار کریستالی که به تازگی از انتهای کوتاه شده کربوکسیل ژن CagA بدست آمده است وجود دو دامنه را که شامل دامنه انعطاف پذیر N-ترمینال کوچکتر و یک دامنه بزرگ تر متوسط است را نشان داد و دانشمندان اعلام کردند که مولتیمریزیشن (multimerisation) مشاهده شده در ژن CagA تنها به واسطه این ژن نیست بلکه احتمالا به علت تعامل این ژن با ژنهای دیگراست (آماندا و همکاران،۲۰۱۳).
در سال ۲۰۱۴ دانشمندان ۳۶۰ بیمار مبتلا به هلیکوباکتر پیلوری که۹۵ تن از آنها مبتلا به گاستریت،۹۲ تن مبتلا به زخم معده،۱۰۸ تن مبتلا به زخم دوازدهه و ۶۵ تن از آنها مبتلا به سرطان معده بودند را بررسی کردند. و با بهره گرفتن از گروه معده به عنوان یک گروه مرجع اعلام کردند که خطر نسبی برای ژن CagA1. 81 درصد و۹۵ درصد CI 1. 44-2. 29 است.
اپی توپ‌ها مناطقی از آنتی ژنها هستند که به وسیله گیرنده‌های غشائی خاص آنتی ژن روی لمفوسیت‌ها باند می شوند و یا باعث ترشح آنتی بادی‌ها می شوند
دانشمندان اپی توپ‌های ماکرومولکول‌ها مخصوصا پروتئینها را به دو دسته تقسیم کردند،دسته اول اپی توپ‌های خطی نامیده شدند که بخش‌هائی از رشته‌های پیوسته باقی مانده از زنجیره‌های پلیمری است و دسته دوم اپی توپ‌های فضائی هستند که به وسیله چندین بخش متوالی نا پیوسته که از طریق تا شدن بر روی هم در ساختار اولیه خود در کنار هم باقی مانده اند تشکیل می شود (بارلو و همکاران،۱۹۸۶).
در سال ۱۹۹۱ دانشمندان دریافتند که اپی توپ‌های فضائی دارای مزایای بسیار بیشتری نسبت به اپی تو پ‌های خطی هستند. به عنوان مثال آنتی بادی‌های انسان هدایت کننده اپی توپ‌های فضائی هستند که طیف گسترده ای از ویروس‌های نقص ایمنی انسانی را خنثی میکنند (استیمر و همکاران،۱۹۹۱).
در سال ۲۰۰۲ دانشمندان دریافتند که سلول‌های ایمنی اپی توپ‌ها را بجای کل آنتی ژنها تشخیص میدهند. (گولدسبای و همکاران،۲۰۰۲).
آنها دریافتند که سلول‌های T،اپی توپ‌های سلول T را شناسائی میکنند که معمولا پپتید‌های خطی هستند که از آنتی ژنهای پروتئین مشتق می شوند و توسط مولکولهای MHC تولید میشوند. سلول‌های B و آنتی بادی‌ها، اپی توپ‌های سلول B را که میتوانند به صورت کامل، ترکیبات شیمیائی کوچک و یا اجزاء مولکولهای بزرگ تر مثل نوکلئوتید‌ها،لیپید‌ها،گلیکان‌ها و پروتئینها باشند را شناسائی میکنند. (گولدسبای و همکاران،۲۰۰۲)
مشخص شده است که اپی توپ بخش پروتئینی یک مولکول است که به آنتی بادی متصل می شود. اپی توپ میتواند مرکب از قند‌ها،لیپید‌ها و اسیدهای آمینه باشد در اغلب مواقع اپی توپ‌ها از اسیدهای آمینه ساخته شده اند. گر بخواهید پروتئین خاصی را دنبال کنید اما آنتی بادی که با پروتئین مد نظر شما باند شود وجود نداشته باشد باید یک تگ اپی توپ (اپی توپ نشانه دار شده) را به پروتئین خود اضافه کنید. تگ اپی توپ‌ها در محدوده طولی ۱۵-۱۰ اسید آمینه قرار دارند و برای ایجاد یک دستگیره مولوکولی برای پروتئین شما طراحی شده اند. تگ اپی توپ‌ها میتوانند در جائی در داخل پروتئین قرار بگیرند اما معمولا در دو انتهای آمینو و کربوکسیل قرار میگرند تا هر گونه اختلال بالاقوه در ساختار سوم پروتئین و در نتیجه در عملکرد پروتئین به حداقل برسد (دیویدسون،۲۰۰۲).
محققان معتقدند که بر اساس شناسائی ایمنی و پاسخ ایمنی، هر دو نوع اپی توپ اطلاعات ارزشمندی را برای جلوگیری از بیماری‌ها (ساکسنا و همکاران،۲۰۰۵) تشخیص (ماتسو و همکاران،۲۰۰۵) (تگونی و همکاران،۱۹۹۹) و درمان (لی و همکاران،۲۰۰۵) (ریمر و همکاران،۲۰۰۵) ارائه میدهند که بسیار سودمند است.
مشخص شده است که ۹۰ درصد اپی توپ‌های سلول B که از پروتئین‌های مادری مشتق می شوند بجای ساختار خطی ساختار فضائی دارند (هورسفال و همکاران،۱۹۹۱)در سال ۲۰۰۱دانشمندان گزارشی را منتشر کردند که در آن ۱۰ آنتی بادی منوکلونال بر ضد سیتوتوکسین واکوئوله کننده (VacA) هلیکوباکتر پیلوری تولید شده و مشخص شد که همه آنها با اپی توپ‌های فضائی واکنش نشان میدهند (وینیون و همکاران،۲۰۰۱).
با توجه به اینکه اپی توپ‌های آنتی ژن اطلاعات ارزشمندی را برای پیشگیری از بیماری‌ها، تشخیص و درمان ارائه میکنند و اپی توپ‌های فضائی شکل مهمی از اپی توپ‌ها هستند که اطلاعات ساختاری آنها، آنها را برای تحقیقات نظری و کاربردی زیست پزشکی جذاب میکند. در سال ۲۰۰۶ دانشمندان CED را به عنوان یک پایگاه داده برای اپی توپ‌های فضائی معرفی کردند،CED مجموعه ای ازاپی توپ‌های فضائی و اطلاعات مربوط به آنها را فراهم میکند (هیوآنگ و هوندا،۲۰۰۶).
شناخت بهتر اپی توپ‌های فضائی به تنهائی نمیتواند برای طراحی واکسن‌های جدید و توسعه معرف‌های تشخیصی تازه اطلاعات مفیدی را در اختیار ما قرار دهد (ساکسنا و همکاران،۲۰۰۵) (تگونی و همکاران،۱۹۹۱) اما در درمان بیماری‌ها ویروسی و سرطان از ارزش بالائی برخوردار است (لی و همکاران،۲۰۰۵) (ریمر و همکاران،۲۰۰۵).
همچنین اپی توپ‌های فضائی بطور ضمنی اطلاعات مربوط به آنتی ژن خودشان و حالت متصل شدنشان را دارند که انها را برای تحقیقات نظری زیست شناسی جذاب میکند. البته اینکار نیازمند پول و کار آزمایشگاهی فشرده برای شناسائی جزئیات تجربی اپی توپ سلول B است. پیش بینی دقیق اپی توپ‌های سلول B بر اساس ترتیپ پروفایلینگ نیازمند یک هدف بلند مدت و گروه‌های زیادی است. با این حال گزارش بلنت و همکارانش نشان داد که حتی بهترین مجموعه از مقیاس‌ها و پارامتر‌ها تنها اندکی بهتر از حالت تصادفی اجرا می شوند (بلنت و همکارارن،۲۰۰۵).
این نشان می دهد که رویکرد‌های ساختاری و پیش بینی اپی توپ‌های فضائی حیاتی است. سرور پیش بینی اپی توپ‌های فضائی از سال ۲۰۰۵ در دسترس است که برای یافتن اپی توپ‌های فضائی مفید است (کولکارنی و همکاران،۲۰۰۵). البته پیش بینی دقیق اپی توپ‌های فضائی هنوز هم کار بسیار دشواری است.
در سال ۱۳۸۴ دکتر مهدی پور رامیر و همکاران موفق شدند ایمنوگلوبین زرده تخم مرغ (IgY) را بر ضد استرپتوکوکوک موتان که عامل باکتریائی اصلی در پوسیدگی دندان انسان است تولید کنند. (پور امیر و همکاران،۱۳۸۴).
ایمنوگلوبین زرده تخم مرغ در اوواخر سده ۱۸۰۰ کشف شد. در ۱۸۹۳ کلمپر دیدگاه خود را مبنی بر اینکه پروتئین‌های خوراکی زرده تخم مرغ مرغ‌های ایمن شده خاصیت ایمنوگلوبینی دارند را منتشر کرد. و از آن زمان تا کنون دانشمندان تحقیقات گسترده ای را در زمینه‌های پزشکی و تحقیقاتی برای تولید IgY اختصاصی در زرده تخم مرغ انجام دادند. در حال حاضر سودمندی ایمنوگلوبین Y برای درمان بیماری‌های انسان و حیوان به اثبات رسیده است (PMD:22136128).
در سال دانشمندان ۱۹۶۹ خصوصیات فیلوؤنی ساختاری و عملکردی ایمنوگلوبین طیور را کردند این دانشمندان با بهره گرفتن از روش کروماتوگرافی ایمنوگلوبین را از سرم طیور جدا کرده و مشاهده کرند که ایمنوگلوبین دارای دو زنجیره سبک (L) و زنجیره سنگین (H) است که زنجیره سنگین ۷۵ درصد و زنجیره سبک ۲۵ درصد از وزن مولکولی را شامل می شود. آنها اعلام کردند که بر پایه ویژگی‌های فیزیکی شیمیائی و آنتی ژنیک ایمنوگلوبین ۱۶٫ ۷S بیشترین شباهت را به IgM PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران دارد و ایمنوگلوبین ۷٫ ۱S قطها متعلق به کلاس متفاوتی است و به خودی خود با هیچ یک از ایمنوگلوبین‌های PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران مطابقت ندارد. آنها پیشنهاد کردند که این مولکول به عنوان IgY تعیین شود و اضافه کردند که این نامگذاری میتواند برای ایمنوگلوبین‌های سایر گونه‌ها که با هر یک از ایمنوگلوبین‌های انسانی ارتباط کافی دارند مفید باشد (لسلی و کلم،۱۹۶۹).
جداسازی ویروسی آی جی وای آنتی بادی از زرده مرغ واکسینه دا سال ۱۹۸۰ توسط دانشمندان انجام شد. در آن زمان آنتی بادی از زرده تخم مرغ‌هائی که با انواع ویروس‌های گیاهی واکسینه شده بودند با بهره گرفتن از روش پلی اتیلن گلایکول و با غلظت۱۲ درصد PEG جداسازی شد. به نظر می رسد که تیتر آنتی بادی پس از قطع دوره ایمن سازی در سطح بالائی باقی میماند بعلاوه تیتر آنتی بادی‌های بدست آمده از زرده تخم مرغ مشابه آنتی بادی‌های یافت شده در سرم خون خرگوش‌هائی بود که همزمان واکسینه شده بودند (پولسون و همکاران،۱۹۸۰).
محققان ایمنوگلوبین Y را از تخم مرغ‌های ایمن شده بر علیه چندین پروتئین و مخلوط طبیعی پروتئینها استخراج کردند. آنها دریافتند که وزن مولکولی آنتی ژن تزریق شده به مرغ بر میزان تولید IgY تاثیر مستقیم میگذارد (پولسون و همکاران،۱۹۸۰).
در سال ۱۹۹۰ آنتی بادی زرده تخم مرغ بر علیه یک پروتئین حفاظت شده PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران تولید شد. پزوهشگران دریافتد که زرده تخم مرغ مرغ‌های ایمن شده یک منبع غنی و ارزان قیمت از آنتی بادی‌های پلی کلونال اختصاصی بوده و ۳۰-۲۰ میکروگرم از پروتئین بسیار حفاظت شده PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران برای ایجاد پاسخ ایمنی کافی است. آنها موفق شدند ۴ گرم ایمنوگلوبین از ۶۲ تخم یک مرغ واکسینه شده استخراج کردند و تجزیه و تحلیل‌ها نشان داد که آنتی بادی‌های خاص ۲۰ روز بعد از ایمن سازی ظاهر شدند،پلت‌ها بعد از ۳۰ روز رسیدند و حداقل تا روز ۸۱ باقی می مانند (گاسمان و همکاران،۱۹۹۰).
با وجود اینکه استفاده از مرغ به عنوان میزبان ایمن سازی مزایای زیادی را برای تولید آنتی بادی‌های پلی کلونال به ارمغان می آورد، تولید ایمنوگلوبین‌های زرده تخم مرغ به ندرت مد نظر قرار میگرفت. بنابراین دانشمندان تولید و کاردبرد آنتی بادی‌های زرده تخم مرغ را بررسی و اعلام کردند که تولید آنتی بادی مرغ با توجه به برداشت غیر تهاجمی آنتی بادی از طریق جمع آوری تخم مرغ از نظر رفاه حیوانات واکسینه شده بسیار سودمند است بعلاوه اینکه جداسازی IgY از زرده تخم مرغ بسیار سریع و ساده است. بنابر این تکنولوژی IgY پیشرفت بسیار بزرگی است و باید به عنوان یک جایگزین مناسب برای تولید آنتی بادی‌های پلی کلونال در PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران در نظر گرفته شود (تینی و همکاران،۲۰۰۲).
در سال ۲۰۰۲ شاین و همکارانش از IgY تولید شده در زرده تخم مرغ برای کنترل عفونت هلیکوباکتر پیلوری در انسان استفاده کردند. آنها اعلام کردند که ایمنوگلوبین تولید شده در زرده تخم مرغ مرغ‌های ایمن شده میتواند میزان عفونت را کاهش داده و راهکاری برای درمان بیماری‌های ناشی از این باکتری باشد.
در سال ۲۰۰۲ دانشمندان موفق به جداسازی IgY زرده تخم مرغ با بهره گرفتن از روش‌های فیزیکی و شیمیائی جداسازی شدند (گولدرینگ و ترساف۲۰۰۲).
در سال ۲۰۱۱ دیانا پولی و همکاران IgY موجود در زرده تخم مرغ را بااستفاده از پلی اتیلن گلایکول استخراج کردند (پولی و همکاران،۲۰۱۱).
در سال ۲۰۱۲ دانشمندان اعلام کردند که آنتی بادی‌های زرده تخم مرغ (IgY) جایگزین مناسبی برای آنتی بادی‌های PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران است چرا که مقادیر زیادی از IgY تولید شده در خون طیور به زرده تخم مرغ منتقل می شود. IgY مشابه IgG PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران در نظر گرفته شده و تحقیقات گسترده ای پیرامون خصوصیات، تولید و خالص سازی آن انجام شد. زرده تخم مرغ‌های واکسینه شده به عنوان یک منبع بسیار مطلوب از آنتی بادی‌های پلی کلونال برای بیش از یک دهه به رسمیت شناخته شده و این روش غیر تهاجمی و ساده یک روش جذاب برای تولید آنتی بادی‌هاست. آنها استفاده از ایمنوگلوبین زرده تخم مرغ را به عنوان جایگزینی برای آنتی بیوتیک‌ها و به عنوان یک ابزار مفید و دقیق در تحقیق و تشخیص را توصیه کردند (مایکل و همکاران،۲۰۱۲).
در سال ۲۰۱۴ دانشمندان طی مطالعه ای بر روی ویژگی‌ها و برنامه‌های کاربردی، IgY مزایای استفاده از آنتی بادی مرغ را بیان کرده و اظهار کردند که با توجه به فاصله فیلوژنی IgY و تنوع و گوناگونی ایمنی و حضور آن در زرده تخم مرغ،IgY در مقایسه با IgG PESTAN(به خاطر محدودیت سایت در درج بعضی کلمات ، این کلمه به صورت فینگیلیش درج شده ولی در فایل اصلی پایان نامه کلمه به صورت فارسی نوشته شده است)داران دارای مزایای بسیار زیادی است. علاوه بر این تولید IgY کمک قابل ملاحظه ای به نفع رفاه حیوانات در راستای تلاش‌های بین المللی برای کاهش،بهبود و در صورت امکان جایگزینی حیوانات در آزمایشات است (مانهوز و همکاران،۲۰۱۴).
برای دانلود متن کامل پایان نامه به سایت 40y.ir مراجعه نمایید.
۲-۷ ابزارهای مورد استفاده
۲-۷-۱ دات بلاتینگ
به طور کلی در ژنتیک مولکولی به عمل انتقال مولکولهای تفکیک شده در الکتروفورز از ژل به روی یک غشاء ویژه، بلاتینگ یا بلات کردن گفته می‌شود. معنای واژه انگلیسی بلاتینگ، لکه‌گذاری است. برای انجام اعمالی مانند هیبریداسیون اسیدهای نوکلئیک و شناسایی پروتئینها با پادتن‌ها، ژل محیط مناسبی نیست. علت اصلی این مسئله نفوذپذیری کم ژل و خروج شناساگرها از ژل میباشد. از اینرو در صورت انجام عمل آشکارسازی به کندی و با مشکل صورت می‌گیرد. اما غشاء، محیط مناسبی برای اعمال فوق فراهم میکند. دات بلات روشی سریعی است که با بهره گرفتن از آن می توان کیفیت و مقدار پروتئین بیان شده را تعیین کرد (نصیری، ۱۳۹۰).
۲-۷- ۲ نرم افزار CLC Work Bench5
یکی از ابزارهای بسیار قدرتمند بیوانفورماتیک جهت کلونینگ و بیان مجازی ژن نرم افزار CLC Work Bench5 میباشد. تمامی مراحل انجام این پروژه در این نرم افزار بررسی شده وسپس کار آزمایشگاهی صورت گرفته است. از امکانات این نرم افزار آنلاین می توان به، همردیف کردن‌های DNA و پروتئین و رسم درخت فلیوژنتیکی، ماتریس‌های تفاوت و شباهت، جستجوی جهش، آنالیزهای نوکلوتیدی از قبیل، کشف ORF، ترجمه نوکلوتیدها به RNA و پروتئین، هضم، لیگاسیون، توپوکلونینگ، انجام آنالیزهای پروتئینی از قبیل پیشگویی ساختار دوم پروتئینی، تهیه پلات های هیدروفوبیک و آنتی جنسیتی و کاربردهای بسیار دیگر نام برد.
۲-۷-۳ نرم افزار Mega5
یکی از برنامه‌های همردیف کردن توالی‌های DNA و پروتئین و بررسی همولوژی این توالی‌ها با یکدیگر نرم
افزار قدرتمند Mega5 می باشد. این برنامه علاوه بر همردیف کردن توالی‌ها اطلاعاتی مثل ترکیب توالی‌های
مورد بررسی، ماتریس‌های تفاوت و شباهت را تعیین می کند.
۲-۷-۴ ابزار BLAST
ابزاری است که به طور وسیع برای بررسی شباهت میان توالی‌ها استفاده می شود. در این روش شباهت یک توالی به عنوان پایه با سایر توالی‌ها بررسی می شود. سپس معنی داری آماری شباهت‌های به دست آمده ارزیابی می شود. ابزار BLAST از طریق صفحات وب و در پایگاه NCBI هم در دسترس می باشد که شباهت توالی مورد نظر را با سایر توالی‌های موجود در NCBI، بررسی می کند. قسمت‌های مختلفی از BLAST مانند blastp، blastn، blastx، tblastn و tblastx در این پایگاه وجود دارد. (http: // www. ncbi. nlm. nih. gov. / BLAST/).
فصل سوم
۳ مواد و روش‌ها
۳-۱ تعیین نواحی آنتی ژنیک ژن CagA
توالی‌های ژن CagA مربوط به باکتری هلیکوباکترپیلوری از بانک اطلاعاتی NCBI (National Center for Biotechnology Information) جمع آوری شده و با بهره گرفتن از روش‌های بیوانفورماتیکی و نرم افزار‌های آنلاین موجود نواحی آنتی ژنیک (اپی‌توپی) این ژن جهت همسانه سازی و بیان تعیین شدند. نرم افزار‌های مورد استفاده عبارت بودند از
p://www. imtech. res. in/cgibin/bcepred/bcepred. pl
http://imed. med. ucm. es/Tools/antigenic. pl
http://tools. immuneepitope. org/tools/bcell/iedb_input
http://pepito. proteomics. ics. uci. edu
http://ailab. cs. iastate. edu/bcpreds/predict. html
http://www. cbs. dtu. dk/services/DiscoTope
۳-۲ تهیه باکتری هلیکو باکتر پیلوری
برای تهیه باکتری هلیکوباکتر پیلوری ازمعده ۳۰ بیمار تحت درمان در بیمارستان قائم شهر مشهد که مشکوک به آلوده بودن به هلیکوباکتر پیلوری بودند نمونه‌های بیوپسی گرفته شد و آلودگی این افراد به وسیله تست اوره آز مورد تایید قرار گرفت (اوره آز موجود در هلیکوباکتر پیلوری اوره را تجزیه میکند) سپس این نمونه‌های بیوپسی به آزمایشگاه منتقل شده و در آنجا نمونه‌ها روی کاغذ صافی ریخته شده و با آب مقطر شستشو داده شدند و پس از جمع آوری در میکروتیوپ ۵/۱ میلی لیتری ریخته شدند و در دمای ۸۰ درجه هضم گردیدند و به منظور استخراج باکتری DNA در فریزر ۲۰- درجه نگه داری شدند.
۳-۳ استخراج DNA و تعیین کمیت و کیفیت DNA استخراج شده
استخراج DNA از بافت های های آلوذه به هلیکوباکترپیلوری توسط کیت استخراج DNA شرکتQiagen طبق دستور العمل مربوطه استفاده شد DNA استخراج شده تا زمان استفاده در دمای ˚C20- نگهداری شد.
