این آفات فراوان و بسیار متنوّع اند؛ از این رو شمارش همه ی آنها در اینجا مقدور نیست. درذیل به چند مورد از اهمّ این امور اشاره می شود.
۱ ـ استفاده از الفاظ چند معنایی ( مشترک لفظی) در استدلال. مثلاً : سعادت غایت زندگی دنیوی انسان است. و از طرفی غایت زندگی دنیوی انسان مرگ است. پس سعادت همان مرگ است. در این استدلال غایت دارای دو معنا است.
۲ـ استفاده از جملات چند معنایی (ابهام ساختاری) در استدلال.
۳ـ استفاده از سورهای کلّی نما یا عدم ذکر سور قضیّه در مقدّمات استدلال. مثلاً : خوش قیافه ها متکبّرند. و هر متکبّر اهل جهنّم است. پس خوش قیافه ها جهنّم می روند. در حالی که باید می گفت: بعضی خوش قیافه ها متکبّرند. و هر متکبّری اهل جهنّم است. پس بعضی خوش قیافه ها جهنّم می روند.
۴ـ علّت انگاشتن آنچه که حقیقتاً علّت نیست. مثلاً گفته شده: اکثر ثروتمندان بزرگ ، غیر دیندارند. پس بی دینی یکی از علل ثروتمندی است.
۵ ـ بدیهی فرض نمودن قضایای مشهوره یا موهومه: مثل قضیّه ی « هر موجودی علّتی دارد.» در حالی که درست قضیّه این است که « هر موجود ممکن الوجودی علّتی دارد».و مثل: عقل و حسّ خطا می کنند ؛ و تمام ادراکات آدمی ریشه در عقل و حسّ دارند. پس هیچ راهی نیست که بدانیم آیا آنچه فهمیده ایم درست یا نادرست.در این قضیّه هر دو مقدّمه مشهور ولی باطلند.
۶ـ خلط بین ذات و صفت:یعنی صفت مهمّ یا دائمی یک چیز ، ذات یا ذاتی آن فرض شود. مثل « ای برادر تو همان اندیشه ای ….. ما بقی خود استخوان و ریشه ای. » درست است که عاقل بودن از صفات بارز انسان است ولی انسان مساوی با عقل و اندیشه نیست.
۷ـ عدم تکرار حدّ وسط در استدلال همراه با توهّم تکرار آن . مثلاً : سعادت غایت زندگی دنیوی انسان است. و از طرفی غایت زندگی دنیوی انسان مرگ است. پس سعادت همان مرگ است.
در این استدلال « غایت زندگی دنیوی انسان » حدّ وسط است که ظاهراً تکرار شده است ولی چون غایت در صغری و کبری دو معنای متفاوت دارند لذا در حقیقت حدّ وسط تکرار نشده.
۸ ـ خلط حقّانیّت منطقی با مفید بودن در مقام عمل. مثلاً گفته می شود: با بهره گرفتن از نظریّه ی جاذبه ی نیوتن به راحتی می توان فضاپیمایی را بر روی کره ی ماه نشاند. پس معلوم می شود که این نظریّه کاملاً درست است. در حالی که باید چنین نتیجه می گرفت: پس معلوم می شود که این نظریّه دارای کارکرد مفید است. اگر بنا شود که از کارکرد ، حقّانیّت و درستی نتیجه شود می توان گفت: با بهره گرفتن از مدل زمین مرکزی بطلمیوس می توان کسوف و خسوف را با دقّت پیش بینی کرد. پس معلوم می شود که این نظریّه درست بوده و زمین مرکز عالم است.^[۱۳۷]
قرآن نیز آفات عقل و به عبارت دیگر موانع و حجاب های برآن را این گونه بیان می کند: تکیه بر ظنّ و گمان به جای علم و یقین^[۱۳۸]، پیروی از امیال و هواهای نفسانی^[۱۳۹] ،شتابزدگی^[۱۴۰] ،سنت گرایی^[۱۴۱] ، شخصیت گرایی ^[۱۴۲] و… شرح هرکدام درذیل هرفصل مربوط به آن به طور مفصل بحث خواهد شد.
پ- راهکار
دراین که علم ما نسبت به کنه وجود ذات الهی محدود است وحتی قادر به درک آن نیست ، شکی نیست. انسان هرچه قدر تلاش نماید و سطح علم خود را ارتقاء دهد باز نمی تواندبه شناخت حقایق برسد. علم او به مثابه قطره ی آبی است در دریا.
انسان برای رسیدن به حقیقت و کمال نهایی باید به شناخت و دریافت حضوری و شهودی حقیقت وجود خویش – که عین تعلق و ربط به پروردگار است- رهنمون گردد. شکی نیست که برای این مهم ، علم حصولی نمی تواند نقشی داشته باشد.

بیشترعلم ما حصولی است. هر انسان نسبت به خویشتن علم حضوری دارد و تنها از طریق علم حضوری می تواند حقیقت وجودی خویش را بیابد؛ چون علم حضوری به معنای حضور معلوم نزد عالم است و شکی نیست که نفس و روح مجرد ما حقیقت و واقعیت خود را می یابد. پس هیچ موجود مجردی خالی از علم حضوری به خویش نیست.^[۱۴۳]
ولی در برابرذات اقدس اله، افراد عادی شناخت حضوری نداردواگربرای افراد خاص ، آن هم پس از خودسازی و پیمودن مراحل سیر و سلوک عرفانی ، امکان پذیر است آن هم در مرتبه ضعیفی است وبرای بدست آوردن جهان بینی آگاهانه کفایت نمی کند.پس باید چه کرد؟
وقتی که خودمان نمی توانیم به این علم دسترس پیدا کنیم می بایست به افرادی مراجعه کرد که از این علم برخوردار هستند و آنها کسی نیستند جز پیامبران و امامان و اولیاء و اوصیاء .
اما در مورد خطا پذیری عقل یا آفات عقل ، راهکارهایی را به ما نشان می دهد:

۱- پ) تطهیرقوه عقل آدمی

و طهارت عقل از تقیید به نتایج افکار در آنچه که اختصاص به معرفت حق سبحانه و معرفت غرائب علوم و اسراری که مصاحب فیض منبسط او بر ممکنات است.
در طهارت عقل فرموده اند:باید آن را ازمقید بودن و اکتفا کردن رها کرد. چون عقل از عقال می آید و آن به معنی بستن و محدود کردن است. عقل را هم عقل گفته­اندبه جهت این که در پیشگاه نظام هستی زانو می زند و به فهم علوم و حقایق می پردازد. اما عقل در ابتدا غیر متناهی نیست بلکه به فهم چند حقیقت اکتفا می کندو مقید می شود.
طهارت عقل این است که آن را از مقید شدن در آوردیم . به او بگوییم : نبایدبه فهم چند سر اکتفا کنی و بیش از آن را نخواهی؛ بلکه باید رها شوی و در تمامی موجودات نظام هستی به تفکر بنشینی که تفکر دم به دم برای انسان ره آورد دارد نباید عقل را به فهم چند کلمه مقید کنیم . اگر عقل در کلمات وجودی نظام عالم رها شود می تواند هردم از حقایق گلی از گلستان را به ارمغان آورد. پس هر که در تحصیل علوم به کم بسنده کند معلوم است که عقل خود را زانو بسته است که به تعبیری« فارغ التحصیل » یعنی زانو بند زدن عقل .
باید عقل را در معرفت به حق سبحانه از مقید شدن باز داشت که اگر عقل در شناخت حق تعالی مقید شود سر از وحدت عددی در می آورد. باید عقل را از فیوض منبسط خداوند رهاکرد تا حقایق و اسرار نهفه نظام عالم را بیابد. ^[۱۴۴]

۲- پ) روشنگری عقل

اگر عقل مان را تطهیر کردیم وباز هم دچار خطا شدیم آن وقت چه باید کرد؟
دراین صورت می بایست به سراغ چیزهایی که سبب نورانیت عقل می شوند برویم . این چراغها که سبب نورانیت عقل می شود چیست؟
قرآن کریم به این سوال چنین پاسخ می دهد که درنظام هستی چراغهایی وجود دارد که به دیده عقل روشنایی می دهند.که عبارتنداز : چراغ وحی ، چراغ امام.
۱-۲ - پ) چراغ وحی
عقل در همه ی ما حضوردارد اما در بیش تر افرادپنهان تر و نهفته تراز آن است که تشخیص داده شود . از این رو، یک رشته ی پیوند دوم با وجود مطلق مورد نیاز است و آن وحی است ، یعنی تجلی و ظهور حقیقت ِقصوا برای جوامع بشری در مرتبه ی عالم کثرت.^[۱۴۵]
وحى، عالى‏ترین و راقى‏ترین مظاهر و مراتب هدایت است. رهنمونی هایى دارد که از دسترس حسّ و خیال و عقل و علم و فلسفه بیرون است و چیزى از اینها جانشین آن نمى‏شود.^[۱۴۶]
تفهیم ویژه یک سلسله حقایق و معارف از جانب خداوند به انسان های برگزیده از راهی غیر از طرق عادی معرفت برای ابلاغ به مردم و راهنمایی آنان.^[۱۴۷]
انسان ابزارهای شناخت مختلفی دارد. شناخت حسی و شناخت عقلی ابزارهایی اند که همه انسانها از آنها بهره مندند. ارزیابی این ابزارها و کیفیت کارشان حکایت از آن دارد که آگاهی حاصل از آن دو، برای شناخت راه دستیابی به کمال انسانی کافی نبوده ، به هیچ وجه قادر نیستند شناخت های مورد نیازوبه ویژه شناخت رابطه رفتار انسان با نتایج اخروی اش را تبیین ، و روابط انسان را با خود، با خدا ، با افرادجامعه و با طبیعت متناسب با کمال وی تعیین کنند. حداکثر توانایی عقل بیان رابطه بسیار کلی و شناخت های اجمالی است که در مقام عمل کارساز نیست.
بنابراین هرچند ابزارهای عمومی شناخت برای زندگی انسانی لازم است ، برای شناختن مسیر کمال در تمام ابعاد و شئون ودر همه زمان ها و مکان ها کافی نبوده ، این توانایی را ندارندکه در همه موارد و همه جا تشخیص دهند چه کاری مایه سعادت است و چه عملی به شقاوت می انجامد.
از مقدمات این نتیجه حاصل می شود که به مقتضای حکمت الهی باید راه شناخت دیگری غیر از عقل و حس در کار باشدتا آدمی بتواندبه کمال مطلوب برسد، وآن وحی است.^[۱۴۸]
به عبارت دیگراین که انسان در زیست خود ناگزیر است تا حق را از باطل و صواب را از خطا تشخیص دهد و این امر هنر خرد و عقل است ولکن عقل بس خطا کرده و اشتباه نموده و در بسیاری از موارد به جای خیر، شرو به جای حق ، باطل را برگزیده است. چناچه اگراعراض ازملت و روش حضرت ابراهیم^{(علیه السلام)} که عبارت است از تسلیم بودن در برابرفرمان الهی را حماقت نفس و سفاهت و عدم تشخیص سود اززیان بدانیم «که می دانیم» بیشترین انسانهاگرفتار سفاهت گشته اند.«وَ مَنْ یَرْغَبُ عَنْ مِلَّهِ إِبْراهِیمَ إِلاَّ مَنْ سَفِهَ نَفْسَهُ ‏»^[۱۴۹]پس در برابر چشم خرد نوری باید باشد تا حق را بنمایاندو باطل را بشناساند.
همان گونه که در باب علم گوئیم عقل نیرویی است که علم را پذیرا است و آن را حمل می کند؛ ولی نیاز به معلم هم هست تا پرده جهل را عقب زده و نور دانش را بنمایاندتاخردمند هم بپذیرد، همچنین در امور معنوی و معارف شرف بخش وحی هم باید مذکّر و معلمی باشد تا حقایق را بیان نموده و عقلی هم لازم است تا پذیرا گرددو صحت آنرا وجدان کند.
به بیان ساده عقل به منزله چشم است و وحی به منزله نور. چشم می تواند ببیند به شرطی که در برابرش نوری قرار دهندواز این جهت است که حضرت علی^{(علیه السلام)} در جستجوی خردمندانی است که از نور افکن وحی بهره نوری گرفته و در فضای نورانی ، زیبایی های مردان الهی را دیده و ملازم و مصاحب آنان شده اند.^[۱۵۰]
حال جای این سوال پیش می آیدکه وحی چه ویژگی داردکه ما باید به سراغ وحی برویم ؟
بنابردیدگاه صحیح ، یک طرف وحی ، خداوند دانا و حکیم است که هیچ گاه امر غیر واقع و خطایی را بیان نمی کند. ادله عقلی و نقلی دلالت دارندکه وحی در تمام مراحل خود تا به دست بندگان برسد از دستبرد دیگران نگهبانی شده ، پیامبر و فرشته نیز از هر نوع خطای عمدی و سهوی به دور.^[۱۵۱]
یکى از راههاى شناخت جهان ماوراى طبیعت ، وحى است. هرگاه ما ثابت کردیم که برخى از افراد بشر ادراک خاصى به نام وحى دارند ـ ادراکى خطاناپذیر ـ در این صورت محتواى وحى مى تواند ما را با جهان دور از حواس آشنا سازد.^[۱۵۲]
در قرآن کریم ، وحی که پیام رشد و تکامل انسان است به عنوان چراغی که به دیده عقل نور می دهد ،مطرح شده است . خداوند خطاب به پیامبر اسلام می فرماید:« الرکِتابٌ أَنْزَلْناهُ إِلَیْکَ لِتُخْرِجَ النَّاسَ مِنَ الظُّلُماتِ إِلَى النُّورِ بِإِذْنِ رَبِّهِمْ إِلى‏ صِراطِ الْعَزِیزِ الْحَمِید^[۱۵۳] ؛ این کتابی است که به سوی توفرو فرستادیم تا مردم را به اذن پروردگارشان از تاریکیها خارج کنی و به روشنایی وارد سازی ، به سوى راه خداوند عزیز و حمید».
بنابراین­آیه،پیامبر اسلام مأموریت داردکه با کتاب خدا مردم را ازظلمتها نجات دهدو به جهان نوروارد کند.پس­از نظرقرآن چراغی که به دیده­ی عقل نور می دهدو مردم را از تاریکی های گمراهی­و تباهی خارج و به روشنایی هدایت و سعادت وارد می­سازد کتاب خدا ووحی است.
و درجای دیگر چنین می فرماید:«یا أَیُّهَا النَّاسُ قَدْ جاءَکُمْ بُرْهانٌ مِنْ رَبِّکُمْ وَ أَنْزَلْنا إِلَیْکُمْ نُوراً مُبِینا^[۱۵۴] ؛ اى مردم! دلیل روشن از طرف پروردگارتان براى شما آمد و نور آشکارى به سوى شما نازل کردیم ».
بنابراین از ملاحظه مجموع آیات که مطرح شد می توان به این نتیجه رسید که یکی از چراغهایی که آفریدگار جهان برای روشنایی دادن به دیده عقل آفریده ، وحی است و همان طور که اگر پرتو خورشید نباشد دیده حس نمی تواندحقایق حسی را ادراک کند وراه را از چاه تشخیص دهداگر نور وحی نباشددیده عقل نمی تواندحقایق عقلی را بشناسد و راه هدایت و سعادت انسان را به او نشان دهد.^[۱۵۵]
۲-۲- پ) مراجعه به انبیاء و امامان
نخستین مسأله در مورد علاج بیماری های اندیشه، یافتن طبیبانی است که متخصص درمان این بیماریها باشند تا با مراجعه به آنان و به کار بردن داروهایی که تجویز می کنند بیمار سلامتی اندیشه و روان خود را باز یابد.
ازدیدگاه قرآن ، این پزشکان عبارتند از انبیای الهی. وجز پیامبران الهی ، هیچ روانشناسی توان درمان ِ بیماریهای اندیشه و روان انسان را ندارد.
آنان با یک جراحی دقیق و حساب شده روانی ، موانع شناختهای عقلی و قلبی رابر می دارندو غبارهای هواوهوس را از آینه اندیشه می شویندو با این عمل،گوهرتابناک عقل را از لجنزار شهوت استخراج می کنند و چراغ فروزان اندیشه را از حجاب دوده های هوس پاک می سازند .
یکی از راز های بعثت ، استخراج عقلهای مدفون است. انبیای الهی با درمان بیماریهای اندیشه و استخراج گوهر عقل و روشن کردن چراغ فکر، مردم را از تاریکی های موانع شناخت و حجابهای هوس خارج می کنندو به جهان روشنی و نور، که حقایق هستی،آنچنان که هست در آن هویداست، وارد می سازند؛ ازاین رو قرآن کریم در فلسفه بعثت موسی^{( علیه السلام)} می گوید:« وَ لَقَدْ أَرْسَلْنا مُوسى‏ بِآیاتِنا أَنْ أَخْرِجْ قَوْمَکَ مِنَ الظُّلُماتِ إِلَى النُّورِ …^[۱۵۶]؛ همانا موسی را دلایل روشن و قطعی خود فرستادیم که برو و مردم خودرا ازتاریکیها خارج کن و به روشنایی و نور واردساز».
یا در مورد حضرت ختمی مرتبت قرآن چنین آورده است:
وَ اذْکُروا نِعْمَهَ اللَّهِ عَلَیْکُمْ اذْ کُنْتُمْ اعْداءً فَأَلَّفَ بَیْنَ قُلوبِکُمْ، فَأَصْبَحْتُمْ بِنِعْمَتِهِ اخْواناً وَ کُنْتُمْ عَلى‏ شَفا حُفْرَهٍ مِنَ النّارِ فَأَنْقَذَکُمْ مِنْها^[۱۵۷] ؛ و نعمت خدا بر خویشتن را بیاد آرید، بیاد آرید که با یکدیگر دشمن بودید و او بین دلهایتان الفت برقرار کرد و در نتیجه نعمت او برادر شدید. و در حالى که بر لبه پرتگاه آتش بودید، او شما را از آن پرتگاه نجات داد.
این روشنایی، روشناییِ حسی نیست. پیامبران برای اختراع برق یا تغییر عوامل روشنای حسی نیامده اند. این کار را انسان ، خود می تواند انجام دهد. آنچه پیامبران برای آن آمده اند و انسان خود توان انجام آن را ندارد، ایجاد روشنایی عقلی است و این ، یکی از اساسی ترین رازهای بعثت انبیای الهی است.^[۱۵۸]
همچنین آیه:« قُلْ هَلْ یَسْتَوِی الْأَعْمى‏ وَ الْبَصِیرُ أَفَلا تَتَفَکَّرُونَ»^[۱۵۹] معنای آیه این است که: گر چه من در بشر بودن و ناتوانى مثل شمایم، لیکن این دلیل نمى‏شود که من شما را به پیروى خود دعوت نکنم، براى این که خداى تعالى مرا با وحى خود به معارفى آشنا کرده و شما را نکرده. و در نتیجه فرق من با شما مثل تفاوتى است که بینا با نابینا دارد، همان طورى که نابینا و بینا در عین این که در انسانیت مشترکند، در عین حال اوضاع و احوال آن دو حکم مى‏کند که باید نابینا پیروى بینا را بکند، همچنین جاهل باید عالم را متابعت بکند.^[۱۶۰]